Båten startet i rute mellom Hvaler og Fredrikstad, og fortsatte i 1893 med trafikk til Strømstad. Fastlandsveien til Hvaler åpnet i 1971 og driften av rutebåten ble vanskelig å fortsette.
På grunn av mye is i sjøen på vinteren 1978-79, ble den nedslitte båten lagt i opplag på dette tidspunktet. I årene som fulgte ble "Hvaler" stort sett liggende lagt opp, uten at ulike eiere hadde midler til å få satt fartøyet i stad. Stiftelsen D/S Hvaler kjøpte båten i 1993, og i 2001 ga Riksantikvaren fartøyet status som verneverdig skip. Bredalsholmen har siden den gang vært involvert i restaureringsarbeidet over flere år.
Gjennom sin lange historie er "Hvaler" blitt pusset opp og endret flere ganger, og eierens mål er at "Hvaler" skal se ut som i 1948. Dette var året da dampmaskinen ble erstattet av dieselmotor, og det ble laget ny innredning om bord.